مظفرحسین میرزای گورکانی فرزند سلطانحسین میرزابایقرا (قرن دهم هجری) ملقب به «ابوالمنصور» شاهزادۀ شاعر تیموری، مادرش خدیجه بیگم نام داشت. چون مظفرحسین میرزا به حد بلوغ رسید، سلطانحسین بایقرا، خانزاده، دختر بدیعالجمال بیگم را به عقد وی درآورد. در جمادیالآخر ۸۹۹ ق یکی از نوکران میرزامظفرحسین خواستۀ شاهزاده را با مکتوبی که سلطان بدیعالزمان فرستاده بود ـ مبنی بر اینکه خسروشاه برای جنگ با سلطانحسین بایقرا از قهندز بیرون آمده ـ خدمت سلطان بایقرا فرستاد. سلطان بایقرا نیز آن دو شاهزاده را بر سر خسرو شاه فرستاد. سرانجام پس از جنگی سخت، خسروشاه به ناچار گریخت. در ۹۰۲ ق که سلطان بایقرا ولایت گرگان را از بدیعالزمان گرفت و به مظفرحسین میرزا داد. بدیعالزمانمیرزا پیدرپی پیغامهایی مکتوب به محمدمؤمن میرزا، فرزند خود رساند که هر گاه مظفرحسین به آن سو درآید، ولایت به او نسپارد و با او به جنگ برخیزد. وقتی این خبر به سلطان بایقرا رسید، مظفرحسین میرزا، امیرمحمد برندق برلاس و امیرناصرالدین عربیک را به استرآباد فرستاد و خود نیز به سوی بدیعالزمان به بلخ رفت. میرزامحمد مؤمن به خواست پدر، با سپاه خود از استرآباد بیرون آمد و با عموی خود مظفرحسین جنگید، اما از وی شکست خورد. در ۹۰۳ ق محمدحسین میرزا (برادر ناتنی مظفرحسین میرزا) به امید دستیابی به استرآباد، شورش کرد و در نواحی گنبد قابوس با مظفرحسین میرزا جنگید. هنگام جنگ، چنان ضعفی به مظفرحسین چیره شد که از ادامۀ جنگ بازماند و ناگزیر از آن معرکه گریخت و محمدحسین پیروزمندانه بر استرآباد دست یافت. وی پس از آن، در جنگ سلطان بایقرا با ابوالمحسن میرزا و محمدمحسن میرزا در دشت حلوا چشمه شرکت کرد و با سپاه خود در قول (قلب) لشکر وی پیروزمندانه جنگید. در پایان سال ۹۰۵ ق که محمدحسین میرزا اسفراین را گشود، مظفرحسین میرزا از سبزوار راهی جنگ با برادر شد، اما در این جنگ شکست خورد و به ترشیز گریخت. پس از درگذشت سلطانحسین بایقرا برخی از ارکان دولت، خواهان پادشاهی بدیعالزمان میرزا شدند و برخی دیگر به مشارکت بدیعالزمان و مظفرحسین میرزا نظر داشتند. چون در این هنگام خدیجه بیگمآغا اختیار و اعتبار تمام داشت و بیشتر لشکر نیز پیرو مهدعلیا و امرای برلاس بودند، امر مشارکت پذیرفته شد. پس در ۹۱۱ ق در مسجد جامع هرات، خطبه و سکه به نام هر دو شاهزاده زدند و خواندند و آن دو شاهزاده با مشارکت هم، بهخوبی به امور مملکت میرسیدند تا آنکه پس از چند ماه، این وضع با اعتراض دیگر شاهزادگان به سستی گرایید و هر یک از دو شاهزاده، خطبه بهنام خود خواندند، اما چون خبر درگذشت بایقرا به محمدخان شیبانی رسید، وی با لشکری بزرگ، رو به سوی ولایات ایران آورد و تا بادغیس پیش آمد و بلخ را محاصره کرد. در ۹۱۲ ق چون این اخبار به بدیعالزمانمیرزا و مظفرحسین رسید، با یاری دیگر شاهزادگان، سپاهی بزرگ برای رویارویی با خان ازبک گرد آوردند، ولی در این میان محمدمحسن میرزا از مشهد به یاری آنها نرفت. پس آن دو شاهزاده از بیم آنکه در غیبت آنها محمدمحسن میرزا با سپاه خود به هرات آید، ناگزیر زمستان را در هرات گذراندند و حمله به سپاه ازبک را به بهار سال آینده موکول کردند. در محرم ۹۱۳ ق جنگ سختی میان ازبکان و خراسانیان درگرفت و چون شمار سپاهیان ازبک دو برابر خراسانیان بود، بهناچار هر یک از شاهزادگان تیموری به سویی گریختند و مظفرحسین میرزا نیز از راه ترشیز، روی به استرآباد نزد فریدون حسین میرزا آورد. پس از چندی، بدیعالزمان میرزا به او پیوست. آن دو شاهزاده سرگرم گردآوری لشکری بزرگ برای رویارویی با محمدخان بودند که پس از چند ماه مظفرحسین میرزا بر اثر ابتلا به بیماری از پای درآمد و درگذشت. وی شاهزادهای شاعر و شعر دوست بود. هاتفی و آصفی از جمله شاعرانی بودند که از عزت و احترام و دوستی وی بهره بردند.
دانشنامۀ ادب فارسی، ادب فارسی در افغانستان (۳/ ۹۵۸- ۹۵۹).